很多人常感觉身体不适，但到医院又检查不出毛病，这就是一般所谓的「亚健康状态」。牛樟芝在消除疲劳，提升肝脏功能方面是目前同类产品中效果最明确的，在学界背书及商业行销的推波助澜下，牛樟芝已取代灵芝成为国内接受度最高的保健菇类产品。效果明确的牛樟芝的确值得推广，但目前所有的学术研究都只探讨它的功效与优点，牛樟芝的可能副作用，正确的服用方法，及是否适合长期食用等问题都未见有人讨论。若无法明确交代这些问题，长期以往，万一出现一个不可预期的副作用事件，后果很难想像。
举凡具有强烈药性的产品，通常也具有相对的副作用，使用上就必须更加的小心。牛樟芝具有很强的抗氧化及抗发炎效果，就是一般中医所宣称的「清热解毒」功效。若以中医的药性分类，牛樟芝属寒凉性药物，短期服用具有很好的抗发炎效果，对现代人因饮食不当或长期疲劳所造成的慢性肝炎具有很好的保健效果。但若长期服用将造成体内自由基浓度下降过度，导致体质转寒，免疫力下降。
在实际临床使用上，有几种服用牛樟芝后产生的不良反应值得我们注意。一般最常看到的现象是：服用后产生胃痛、胃胀气、严重者甚至有胃痉挛现象。尤其是早上空腹服用者，征状较明显，这就是牛樟芝的寒凉特性所造成。
一般有此征状的人通常是胃部或消化系统有发炎或溃疡的现象，由于胃部表面细胞太过敏感，绒毛组织受到牛樟芝刺激后产生收缩现象。若是牛樟芝作用在消化道溃疡的部位，严重者甚至会产生出血状况。牛樟芝本属寒性物质，早上空腹食用虽然可以增加吸收效率，但会降低胃部温度，使胃部受到很大的刺激，尤其是长期有胃病的人（胃寒者）刺激效应更大，因此切忌空腹服用牛樟芝，以免引发胃疾甚至胃出血。
第二种可能发生的不良反应是大量服用牛樟芝造成的「寒凝」现象，对于大病后体质较弱的人或先天体质虚寒的妇女最为明显。尤其是在秋冬时，切忌一次大量服用牛樟芝，以免因「寒凝」造成手脚冰冷，甚至导致经期不顺、经痛等现象。牛樟芝具有很强的抗自由基能力，一方面能帮助有发炎征状的人消除过量的自由基 （尤其是NO），可解除发炎带来的不适感。但另一方面就会造成血液循环不良，导致末梢微血管血流量不足，这就是中医所谓的「体寒气虚」现象。其实中医讲求的是「阴平阳秘」的治病逻辑，从前人营养较差，一般人身体体质普遍偏虚寒（气不足），所以古代人较讲究进补。现代人刚好相反，常常饮食过量且作息不正常，一般人体质普遍偏实（火胜），因此现代人应比较讲求泄火（即消炎）。牛樟芝的泄火本质的确是调节现代人火旺的最佳保健品。但所谓的「火」是身体完成生理代谢不可或缺的驱动力。
火太大时，温度太高会造成发炎;火太小时，温度太低会阻碍新陈代谢的进行。自由基太多时会造成身体过氧化;自由基不足时，新陈代谢速率下降。现代人的「火象」是虚实夹杂，有过食甘肥的实火，也有过劳疲惫的虚火。实火来自于新陈代谢加速产生的过量自由基反应，导致体温升高，而服用牛樟芝可消除过多的自由基，因此可以有效降低体温过高的疲惫征状。虚火来自于身体器官过度运作所造成的磨擦发热现象。有虚火的人初期服用牛樟芝会想睡觉，这是身体想借着休息来降低器官虚火的自然修复反应，经过一个星期到十天之后，疲惫感会慢慢消失，身体就会恢复正常。还有一种长期疲惫，虚火非常旺的人，服食牛樟芝后会感觉愈来愈疲倦，即使休息一段时间后也未见改善。有这样情况的人就是所谓「阴虚火旺」，根据中医的治疗原则需先「补其母」，此时就不能再服用牛樟芝泄肝火，而是必须先由「补肾气」着手。
第三种可能发生的不良反应是长期服用牛樟芝造成「免疫力下降」的现象。一般人以为菇、蕈类富含多糖体，具有提升免疫力的效果，因此推论牛樟芝应该具有提升免疫力的功效。实验研究也发现：由牛樟芝萃取出来的多糖体的确具有提升非特异型免疫的功效，然而民间的应用经验上，有些人长期服用牛樟芝变得比较怕冷，也容易感冒;有些接受化学治疗或放射线治疗的肿瘤患者，刚开始服用牛樟芝会降低副作用，但长期服用高剂量反而会增加血液感染的机率这些都是免疫力下降的现象，为何长期服用反而导致免疫力下降呢？利用菌丝体酦酵而得的牛樟芝产品，其多糖体成分含量高，但次级代谢物含量则较低，因此免疫提升的效果较强，但保肝、抗肿瘤的功能较差。
相反的，子实体的多糖体含量低，而三萜类含量高，所以抗发炎的效果较强，但相对的降低免疫力的效果也比较明显。刚经历化学治疗或放射线治疗的肿瘤患者可藉由子实体的摄取，大大地降低因化疗或放疗所引起自由基过多的伤害，但历经被抗癌药物或放射线的摧残的病人，他 们的免疫力已非常低下，若再过度使用牛樟芝子实体产品，反而会损伤更多的免疫细胞，造成更大的伤害。所以适度的控制牛樟芝的使用量才能使病人获得最大的保障。