台湾牛樟芝中已分离得到的化合物约225种。这些化合物包括大分子化合物（蛋白，核酸，多糖等），小分子化合物（木质素，芳香族化合物，苯醌类，马来酸和琥珀酸衍生物等），萜类化合物（单萜，二萜，羊毛甾烷型三萜，麦角甾烷型三萜，甾体等），核苷酸类化合物（碱基，核苷等），脂肪酸以及脂肪酸酯等。 [2]
研究表明，多糖，萜类，甾体类化合物，马来酸及琥珀酸衍生物等是牛樟芝的主要活性化合物，具有护肝、抗癌、调节免疫、去过敏、解毒和抗炎等功效。 [3]
1、多醣
（Polysaccharides）
牛樟芝在子实体阶段多醣体含量不高，约2%，与一般食药用性草菇类中含有的多醣体相同，具有免疫生理活性、预防及控制肿瘤等生理活性，主要含β-D-glucan（β-D-葡聚糖）)其作用是透过激发巨噬细胞、T淋巴细胞、B淋巴细胞以及自然杀手细胞等来增强免疫功能，进而达到抗肿瘤的效果。樟芝多醣体中有强心、降血压、降血糖、抗血栓…..等功效。
2、萜类化合物
（Terpenoids）
三萜类化合物是目前樟芝子实体发现最多的萜类化学成分，一般被认为牛樟芝萃取物中苦味成份的主要来源。其中多达10多种新发现三萜类为樟芝所独有，实验证实：这些三萜类化合物能抑制肝癌细胞的增殖、毒杀老鼠血癌（P-388 murine leukemia）细胞活性、抗副交感神经作用、抗血清素活性、活化神经细胞生长能力等功能；比多醣体扮演着更重要的抗肿瘤活性调节角色。高血压患者往往因为血压高，导致脑血管破裂而中风，三萜类化合物能有效的抑制Angiotensin Converting Enzyme（ACE）的活性，进而降低血压。
2006年台湾大学化学系郭悦雄教授自樟芝子实体分离获得一系列二萜类化合物，并发现具有神经保护 (neuroprotective activies) 药理活性 。
2007年台湾大仁科技大学药学系及制药科技研究所陈日荣教授之研究团队,自牛樟芝子实体分离获得具有抗发炎功效之含苯环与三键组合的特殊化学构造化合物。
3、超氧化物歧化酶
（SOD：Superoxide Dismutase）
活性氧群（ROS：Reactive Oxygen Species）可经由外在环境，或是体内新陈代谢而产生（如紫外线的照射、辐射或化学反应）。最常见的活性氧群有过氧化自由基以及氢气自由基。这些活性氧群对人体往往会造成许多的病变，如DNA伤害、致癌以及因为细胞退化而造成的老化现象。超氧歧化酵素（SOD）为生物体内清除超氧自由基的首要酵素，具有高抗氧化机能，可有效控制活性氧群对人体造成的病变，并去除自由基。
4、核酸类
包括有腺苷（Adenosine）、核醣核苷酸（RNA）等物质，均有重要生理活性，其中腺苷具有抑制血小板凝聚作用，可防止血栓的形成、预防动脉硬化。
除此之外，也发现牛樟芝子实体还有酚类、固醇类、醇类与内酯等多元性成分组成，其药理作用正被研究当中，未来将有相关结果陆续被报导。